close

The Department of Computer Science at the University of Cyprus cordially invites you to the Colloquium entitled:

Image Processing of cDNA Microarrays

 

Speaker: Prof. Dimitris Maroulis
Affiliation: University of Athens, Greece
Category: Colloquium
Location: Room 148, Faculty of Pure and Applied Sciences (FST-01), 1 University Avenue, 2109 Nicosia, Cyprus (directions)
Date: Friday, February 15, 2013
Time: 15:00-16:00 EET
Host: Constantinos Pattichis (pattichi-AT-cs.ucy.ac.cy)
URL: https://www.cs.ucy.ac.cy/colloquium/index.php#cs.ucy.2013.maroulis

Abstract:
Στο πρώτο μέρος της ομιλίας θα γίνει αναφορά στο ερευνητικό έργο του Εργαστηρίου Συστημάτων Πραγματικού Χρόνου και Ανάλυσης Εικόνας του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπ/νιών του Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ). Η παρουσίαση θα επικεντρωθεί στην ανάλυση και επεξεργασία ιατρικών και βιολογικών εικόνων, και πιο συγκεκριμένα: 1)σε εικόνες ενδοσκοπίου με στόχο τον εντοπισμό πολυπόδων στο έντερο, 2)σε υπερηχογραφικές εικόνες του θυρεοειδούς αδένα με στόχο τον εντοπισμό και τη διαγράμμιση όζων και 3)σε εικόνες πρωτεομικής με στόχο τον εντοπισμό και την κατάτμηση πρωτεϊνικών κηλίδων. Στο δεύτερο μέρος θα παρουσιαστεί μια πρωτότυπη μέθοδος κατασκευής πλέγματος και κατάτμησης κηλίδων (spot-segmentation) σε εικόνες Μικροσυστοιχειών cDNA. Τα υπάρχοντα λογισμικά-μέθοδοι αδυνατούν να αναλύσουν και να επεξεργαστούν τις εικόνες αυτές αυτόματα και η παρέμβαση του χρήστη είναι απαραίτητη για την επιλογή των καταλληλότερων τιμών των παραμέτρων, αλλά και για τη διόρθωση των αποτελεσμάτων. Συνέπεια αυτού είναι να καθίσταται χρονοβόρα η επεξεργασία τέτοιων εικόνων, αλλά και υποκειμενική, πράγμα που έχει σαν αποτέλεσμα να εξάγονται διαφορετικά βιολογικά συμπεράσματα. Η μέθοδος που θα παρουσιαστεί αντιμετωπίζει την περίπτωση αυτή σαν πρόβλημα βελτιστοποίησης και το επιλύει αυτόματα, χρησιμοποιώντας γενετικούς αλγόριθμους. Ιδιαίτερα για την κατάτμηση των κηλίδων, ορίζεται η μαθηματική εξίσωση ενός μοντέλου 3διάστατης αναπαράστασης των διαφόρων τύπων κηλίδων και ο γενετικός αλγόριθμος που χρησιμοποιείται, καθορίζει τις βέλτιστες τιμές των παραμέτρων για κάθε κηλίδα. Η μέθοδος αυτή εφαρμόστηκε σε συνθετικές και πραγματικές εικόνες που πάρθηκαν από καθιερωμένες στη βιβλιογραφία βάσεις δεδομένων, και η ακρίβεια των αποτελεσμάτων της υπερέχει της αντίστοιχης καθιερωμένων μεθόδων.

Short Bio:
Ο Δημήτρης Μαρούλης μετά τις βασικές του σπουδές στο τμήμα Φυσικής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, συνέχισε μεταπτυχιακές σπουδές στην Ηλεκτρονική, στη Ραδιοηλεκτρολογία και στον Ηλεκτρονικό Αυτοματισμό, ενώ έλαβε το Διδακτορικό του τίτλο στην Επιστήμη των Υπολογιστών. Εργάστηκε ως ερευνητής για 3 χρόνια στο Τμήμα Διαστημικών Ερευνών (DESPA) του Αστεροσκοπείου της Meudon στο Παρίσι και στη συνέχεια συνεργάστηκε για πάνω από 10 χρόνια με το ίδιο Τμήμα. Για περίπου 20 χρόνια υπηρέτησε ως λέκτορας, επίκουρος και αναπληρωτής καθηγητής στα Τμήματα Φυσικής και Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Σήμερα, είναι Καθηγητής στο Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Πανεπιστημίου Αθηνών και επικεφαλής του Εργαστηρίου Συστημάτων Πραγματικού Χρόνου και Ανάλυση Εικόνας (RTS-Image). Έχει πάνω από 20 χρόνια εμπειρίας στον τομέα των συστημάτων πραγματικού χρόνου και συλλογής δεδομένων, και περισσότερα από 15 χρόνια εμπειρίας στον τομέα της ανάλυσης και επεξεργασίας εικόνας και σήματος. Στο διάστημα αυτό συνεργάστηκε με πολλά ελληνικά και ευρωπαϊκά νοσοκομεία και κέντρα υγείας στον τομέα της Ιατρικής Πληροφορικής και της Βιοπληροφορικής. Έχει συμμετάσχει σαν υπεύθυνος έργου ή σαν κύριος ερευνητής σε περισσότερα από 12 ευρωπαϊκά και εθνικά έργα έρευνας και ανάπτυξης (R&D) και έχει δημοσιεύσει περισσότερες από 150 ερευνητικές εργασίες σε διεθνή περιοδικά και συνέδρια, ενώ υπάρχουν περισσότερες από 1000 ετεροαναφορές στο δημοσιευμένο έργο του. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα περιλαμβάνουν συστήματα πραγματικού χρόνου και συλλογής δεδομένων, καθώς και ανάλυση και επεξεργασία σήματος και εικόνας με εφαρμογές στη βιοπληροφορική και στα βιοϊατρικά συστήματα.

  Web: https://www.cs.ucy.ac.cy/colloquium/
  Mailing List: https://listserv.cs.ucy.ac.cy/mailman/listinfo/cs-colloquium
  RSS: https://www.cs.ucy.ac.cy/colloquium/rss.xml
  Calendar: https://www.cs.ucy.ac.cy/colloquium/schedule/cs.ucy.2013.Maroulis.ics

Sponsor: The CS Colloquium Series is supported by a generous donation from Microsoft